Il s'agit de groupes de travail et de réflexion composés d'élus des communes membres désignés par le Conseil de Communauté.
Ceux-ci ne sont pas obligatoirement choisis parmi les délégués communautaires mais peuvent être par exemple des conseillers municipaux oeuvrant déjà à l'échelon communal dans un domaine d'intervention particulier et connaissant déjà de ce fait les problématiques rencontrées. Il peut également s'agir d'un élu bénéficiant par son activité professionnelle, ou autre, d'un niveau d'expertise et de compétences utile dans un, ou même plusieurs des domaines d'interventions considérés.
Chaque commission a en charge un domaine d'intervention spécifique en lien direct avec les compétences statutaires et les missions que lui confie le Conseil de Communauté.
Le président de chacune des commissions rend régulièrement compte au Conseil des missions qui lui ont été confiées. Il synthétise les propositions d'actions à mener ou d'équipement à réaliser faites par la commission, il éclaire et conseille utilement les délégués sur les choix et décisions à prendre dans le domaine relevant de sa commission.
Les commissions n'ont pas de pouvoir décisionnel, mais leur travail a pour finalité de faciliter la prise de décision du Conseil de Communauté.
Au sein de la Communauté de Communes des Trois Frontières il existe à ce jour 8 commissions recouvrant les principaux champs d'action découlant des compétences statutaires : Environnement, Assainissement, Economie d'énergies, Sports, Transports, Tourisme, Infrastructures ainsi que Communication.
Chaque commune membre dispose d'un représentant dans chacune des commissions à l'exception de Saint-Louis et Huningue qui en disposent de deux.
ENVIRONNEMENT | SPORT | TRANSPORTS | TOURISME | INFRASTRUCTURES | COMMUNICATION | ASSAINISSEMENT | ECONOMIE D'ENERGIES | |
| Président | Welté Martin | Girny Alain | Zoellé Jean-Marie | Kielwasser Gérard | Ginther Jacques | Deichtmann Jean-Marc | Tritsch Bernard | Litzler Thierry |
| SAINT-LOUIS | Schmitter Bernard | Schicca Daniel | Schmidiger Pascale | Schicca Daniel | Pisaroni Gabriel | Schicca Daniel | Pisaroni Gabriel | Schmitter Bernard |
Zoellé Jean-Marie | Zimmermann Martine | Schmitter Bernard | Girny Alain | Eckes Raymond | Pisaroni Gabriel | |||
| HUNINGUE | Guerné Clarisse | Longato Rémy | Angsthelm Suzanne | Gesser-Neunlist Nicole | Bohly Dominique | Keiflin Christian | Welté Martin | Welté Martin |
Welte Martin | Grosse Marc | Koch Jean-Luc | Carl François |
| Guerné Clarisse | Guerné Clarisse | ||
| KEMBS | Dirrig Fabrice | Bandinelli Jean-Paul | Luttenauer Jean-Paul |
| Juillet Jean | Rudler Suzanne | Malparty Patricia | Basler Philippe |
| BLOTZHEIM | Haas Jean-Marc | Maurer Yves | Lefebvre Martine | Meyer Jean-Paul | Meyer Jean-Paul | Lefebvre Martine | Maurer Yves | Haas Jean-Marc |
| VILLAGE-NEUF | Hueber Antoine | Rogowski Richard | Tritsch Bernard | Blatz Louis | Tritsch Bernard | Wisslé Josiane |
| Hofer Marie-Christine |
| BARTENHEIM | Fuchs Gilbert | Heinrich Alain | Schurrer Jeannot | Heitz Isabelle |
| Megel Evelyne | Arnold Gabriel | Blankenberger Jean-Christophe |
| HEGENHEIM | Boeglin Bernardl | Munch Joseph | Boeglin Bernard | Weider Bernadette | Grienenberger Jean-Marc | Finck Jacques | Boeglin Bernard | Finck Jacques-Paul |
| HESINGUE | Latscha Gaston | Eichlisberger Gabrielle | Latscha Gaston | Lang Daniel | Hatmann Claude | Lang Daniel | Hartmann Claude | Latscha Gaston |
| ROSENAU | Schott Gilbert | Spindler-Liegeon Sylviane | Bingler Luc | Schott Gilbert | Christnacher Erwin | Spindler-Liegeon Sylviane | Christnacher Erwin | |
| BUSCHWILLER | Meyer José | Willer Christèle | Willer Christèle | Obermeyer Roger | Willer Christèle | Obermeyer Roger | Meyer José | Meyer José |